Se identifican 77 compuestos que podrían combatir al coronavirus

Unos investigadores en el Laboratorio Nacional estadounidense de Oak Ridge (ORNL) han utilizado Summit, actualmente la supercomputadora más potente e inteligente del mundo, para identificar 77 compuestos farmacológicos de molécula pequeña que podrían ser de utilidad en la lucha contra el coronavirus SARS-CoV-2, el culpable de la pandemia de la enfermedad denominada COVID-19.

Los dos investigadores realizaron simulaciones en Summit de más de 8.000 compuestos para detectar aquellos que tienen más probabilidades de enlazarse a la proteína principal del coronavirus, conocida como "Spike", una acción que debería impedirle al microorganismo infectar células. Los más prometedores de estos compuestos podrán ahora ser probados en experimentos reales.

La idea nació al revelarse el punto de entrada del coronavirus en las células atacadas. Cuando unos investigadores chinos secuenciaron el virus, descubrieron que infecta el cuerpo mediante uno de los mismos mecanismos empleados por el virus del Síndrome Respiratorio Agudo Severo, o SARS, que se propagó a 26 países durante la epidemia de 2003. La similitud entre las dos estructuras víricas facilitó el estudio del nuevo virus.

Jeremy C. Smith, director del Centro de Biofísica Molecular, dependiente del ORNL y de la Universidad de Tennessee, trabajó bajo el supuesto de que ambos virus pueden "acoplarse" a la célula de la misma manera.

Micholas Smith, del mismo centro y miembro del equipo de investigación, construyó un modelo digital de la proteína Spike del coronavirus, también llamada proteína S, basándose en los primeros estudios de la estructura.

La supercomputadora Summit, organizada en módulos, ocupa toda una sala. (Foto: Carlos Jones, Oak Ridge National Laboratory / U.S. Dept. of Energy)

Simulaciones informáticas

Los investigadores utilizaron un código de simulación química para ejecutar en Summit simulaciones de dinámica molecular, que analizan los movimientos de átomos y partículas en la proteína.

El equipo encontró, gracias a Summit, 77 compuestos de molécula pequeña, esencialmente medicamentos y compuestos naturales, que podrían merecer ser puestos a prueba contra el coronavirus en experimentos. En las simulaciones, los compuestos se unen a regiones de Spike que son importantes para la entrada del coronavirus a la célula humana. Por tanto, tales compuestos podrían interferir en el proceso de infección al obstaculizar dichas regiones.

Tal como explica Smith, se necesitaba Summit para obtener rápidamente los resultados de la simulación. La supercomputadora hizo el trabajo en apenas un par de días, mientras que le habría llevado meses a una computadora científica normal.

"Nuestros resultados no significan que hayamos encontrado una cura o tratamiento para el coronavirus de Wuhan", matiza Smith. Sin embargo, tenemos muchas esperanzas de que nuestros hallazgos computacionales guiarán estudios futuros y proporcionarán un marco que los experimentadores usarán para investigar más a fondo estos compuestos. Solo entonces sabremos si alguno de ellos exhibe las características necesarias para mitigar la acción de este virus”. (Fuente: NCYT Amazings)